Krajowy System e-Faktur. O czym powinny wiedzieć organizacje pozarządowe?
Organizacje pozarządowe muszą już teraz zacząć przygotowania do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) - nowego, elektronicznego systemu do wystawiania i odbierania faktur. Będzie on dotyczył każdej NGO, ponieważ każda organizacja prędzej czy później stanie się odbiorcą faktury wystawionej w systemie. Pierwsze faktury z KSeF organizacje zaczną otrzymywać już na początku 2026 roku.
Krajowy System e-Faktur (KSeF) to system teleinformatyczny służący do wystawiania, przesyłania, odbierania i przechowywania faktur ustrukturyzowanych (w formacie XML). Każda faktura otrzymuje unikalny numer i Urzędowe Poświadczenie Odbioru (UPO), co jest dowodem jej poprawnego wystawienia i dostarczenia.
Od 1 lutego 2026 r. KSeF obejmie etapami wszystkich przedsiębiorców oraz wystawiających faktury w Polsce. Wdrożenie KSeF służy cyfryzacji procesów fakturowania oraz księgowania faktur. Pozwala także unikać błędów przy ich wystawianiu. Ma nie tylko ułatwić obieg dokumentów, wzmocnić kontrolę podatkową, ale i zautomatyzować księgowość. Czy organizacje pozarządowe (i jeśli tak, to które) będą objęte KSeF i od kiedy? Wyjaśniamy w naszym przewodniku.
Odbieranie faktur w KSeF - dotyczy praktycznie wszystkich NGO!
Dotyczy Cię, jeśli Twoja organizacja kupuje towary/usługi od dostawców w Polsce (czyli praktycznie każda organizacja pozarządowa). Od momentu, gdy dany dostawca zostanie objęty KSeF, jego faktury odbierzesz wyłącznie w KSeF.
Nawet jeśli organizacja rzadko wystawia faktury lub nie robi tego wcale, od 1 lutego 2026 r. powinna być gotowa na odbiór e-faktur od swoich dostawców przez KSeF.
Od momentu wejścia obowiązku dla danego dostawcy (np. dla firmy, od której NGO kupuje materiały biurowe, komputer, catering na szkolenia), fakturę zakupu (kosztową) uważa się za otrzymaną w dniu nadania jej numeru w KSeF. UWAGA!! Odbiór będzie możliwy tylko poprzez ten system. W KSeF nie jest wymagana akceptacja faktur przez odbiorcę. Faktura jest uznana za otrzymaną w momencie, gdy system nada jej numer.
Aby uzyskać dostęp do faktur, organizacja musi mieć nadane uprawnienia do ich podglądu w KSeF. Dotychczasowy sposób otrzymywania faktur (np. mailem w PDF) od kontrahentów objętych KSeF przestanie być prawnie uznawanym sposobem dostarczenia faktury.
Co to oznacza w praktyce? Że każda organizacja musi nauczyć się ODBIERAĆ faktury z KSeF. Jeśli tego nie zrobi, w pewnym momencie w praktyce całkowicie straci “kontakt” z fakturami, które wystawione są za towary i usługi, z których korzysta, a nie trzeba nikomu tłumaczyć jakie konsekwencje będzie to mieć dla jej księgowości czy prowadzenia i rozliczania projektów.
Faktury z KSeF (w formacie XML) będzie można importować do własnego systemu księgowego, co usprawni rozliczanie kosztów i rozliczanie VAT (dla płatników VAT).
Zawiadomienie ZAW-FA – nadawanie uprawnień do KSeF
KSeF, jako system zapewniający bezpieczeństwo i autoryzowany dostęp do danych, wymaga nadania uprawnień osobom, które będą z niego korzystać. W tym celu stosuje się zawiadomienie ZAW-FA, czyli formularz służący do nadawania, zmiany lub odbierania uprawnień do korzystania z KSeF w formie papierowej. W praktyce dokument ten jest niezbędny, gdy organizacja nie ma możliwości autoryzacji elektronicznej (np. podpisem kwalifikowanym lub Profilem Zaufanym), a chce nadać dostęp do KSeF sobie lub innym osobom – np. księgowemu, pracownikowi, członkowi zarządu czy biuru rachunkowemu.
Zawiadomienie ZAW-FA pozwala określić, kto w imieniu organizacji ma prawo wystawiać, odbierać lub przeglądać faktury, a także kto może nadawać i odbierać te uprawnienia innym użytkownikom. W sytuacji, gdy podatnikiem jest podmiot niebędący osobą fizyczną, np. fundacja czy stowarzyszenie i nie posiada on pieczęci kwalifikowanej zawierającej NIP, konieczne jest złożenie zawiadomienia ZAW-FA do właściwego urzędu skarbowego.
W formularzu należy wskazać osobę fizyczną, która będzie uprawniona do korzystania z KSeF w imieniu organizacji. Dzięki temu możliwe będzie bezpieczne i zgodne z przepisami korzystanie z systemu oraz zapewnienie właściwego obiegu faktur w strukturze organizacyjnej NGO.
Warto zgłosić zawiadomienie ZAW-FA już teraz, biura rachunkowe, czekają nawet do miesiąca lub dłużej na zatwierdzenie nadania uprawnień.
Wystawianie faktur w KSeF
Dotyczy Cię, jeśli Twoja organizacja prowadzi działalność gospodarczą lub odpłatną działalność statutową i wystawia faktury (np. za bilety, usługi edukacyjne, najem), zwłaszcza gdy podlegasz VAT lub kontrahenci wymagają faktury.
Od kiedy system KSeF zacznie obowiązywać i kogo obejmie?
Obowiązek wystawiania faktur w KSeF wejdzie etapami:
- od 1 lutego 2026 r. dla firm, które w 2024 r. miały sprzedaż powyżej 200 mln zł (z VAT) – duże podmioty,
- od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek będzie dotyczył pozostałych podatników, czyli większość organizacji, które mają fakturującą działalność,
- od 1 stycznia 2027 r. najmniejsze podmioty - te organizacje, które mają bardzo drobną aktywność fakturującą (np. pojedyncze faktury do 450 zł i miesięczna sprzedaż do 10 000 zł).
Dodatkowo do 31 grudnia 2026 r. można jeszcze wystawiać faktury poza KSeF (papierowe lub elektroniczne), jeśli w danym miesiącu suma sprzedaży z VAT na takich fakturach nie przekroczy 10 000 zł. To ułatwienie ma pomóc w sprawnym przejściu na nowy system. Podział na dwa etapy to m.in. wyjście naprzeciw oczekiwaniom mniejszych przedsiębiorców, którzy zyskają dodatkowy czas na dopięcie przygotowań.
Obowiązek korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) dotyczy również organizacji pozarządowych. Fundacje, stowarzyszenia, koła gospodyń wiejskich i ochotnicze straże pożarne będą musiały stosować KSeF, jeśli prowadzą działalność gospodarczą lub odpłatną działalność statutową i wystawiają faktury. Należy pamiętać, że w organizacji pozarządowej sprzedaż powstaje, gdy pobierasz opłaty od beneficjentów, w takich przypadkach organizacja może mieć obowiązek wystawiania faktur w KSeF.
W praktyce wiele fundacji i stowarzyszeń prowadzi odpłatną działalność statutową lub działalność gospodarczą (na mniejszą lub większą skalę). W takich przypadkach powstaje konieczność wystawiania dokumentów sprzedaży (faktury lub rachunku). Jeśli taka działalność podlega VAT lub obejmuje podmioty, które oczekują faktury, organizacja będzie musiała dostosować się do nowych wymogów.
Kiedy organizacje pozarządowe nie będą musiały korzystać z KSeF?
To czy dana organizacja będzie lub nie musiała korzystać z nowego systemu zależy od prowadzonej przez nią działalności. Z KSeF nie trzeba korzystać m.in. przy:
- Transakcjach, które nie podlega VAT. Dotacje, darowizny i subwencje, które nie stanowią wynagrodzenia za usługę, nie podlegają VAT — nie wystawia się do nich faktur ani nie wprowadza ich do KSeF. To samo dotyczy składek członkowskich przeznaczonych na cele statutowe.
- Działalności zwolnionej z VAT (art. 43 ustawy o VAT). Usługi m.in. edukacyjne, kulturalne czy medyczne, jeśli spełniają warunki z art. 43, nie wymagają faktur w KSeF. Pamiętaj o spełnieniu ustawowych kryteriów zwolnienia.
- Fakturach uproszczonych. Paragony z NIP do 450 zł (100 euro) traktowane jako faktury uproszczone nie muszą być wprowadzane do KSeF.
- Transakcjach zagranicznych. Faktury dotyczące czynności poza terytorium Polski (np. eksport) nie podlegają wprowadzaniu do KSeF.
Korzyści stosowania KSeF dla organizacji pozarządowych
Pomimo wielu wyzwań związanych z KSeF, jego wdrożenie może przynieść organizacjom pozarządowym szereg korzyści, zwłaszcza w zakresie porządkowania i automatyzacji księgowości. KSeF przechowuje wszystkie faktury ustrukturyzowane w jednym miejscu przez 10 lat, eliminując konieczność prowadzenia własnego archiwum dokumentów sprzedażowych. System, w momencie wystawiania automatycznie sprawdza poprawność formalną faktury, co zmniejsza ryzyko pomyłek i eliminuje potrzebę wystawiania duplikatów. Wszystkie faktury mają ten sam, ustrukturyzowany format (XML), co znacznie ułatwia i przyspiesza ich przetwarzanie i importowanie do systemów księgowych.
KSeF automatycznie przekazuje faktury do Urzędu Skarbowego, co zastępuje obowiązek generowania plików (JPK_FA) dla dokumentów wystawionych w systemie i przyspiesza obieg danych. Dodatkowo organizacje, które są czynnymi podatnikami VAT mogą liczyć na skrócenie terminu zwrotu VAT o 20 dni (z 60 do 40 dni) z uwagi na szybszy obieg dokumentów i dostępność danych dla Urzędu Skarbowego, ponieważ faktury są automatycznie przesyłane do Urzędu Skarbowego.
Ministerstwo Finansów udostępnia bezpłatną aplikację do wystawiania faktur, co jest szczególnie ważne dla mniejszych organizacji pozarządowych (linki do aplikacji oraz innych materiałów znajdują się w dalszej części tekstu).
System zwiększy także wzajemne zaufanie przedsiębiorców, ponieważ nabywca będzie przekonany, że faktura została wystawiona przez podmiot uprawniony.
Główne wyzwania i ryzyka
Wdrożenie KSeF wiąże się również z wyzwaniami, na które NGO powinny się przygotować.
- Głównym wyzwaniem jest dostosowanie systemów. NGO będą musiały upewnić się, że używane przez nie programy do fakturowania lub księgowości będą zintegrowane z KSeF lub zacząć korzystać z bezpłatnych narzędzi Ministerstwa Finansów. Ministerstwo Finansów zapewni bezpłatne narzędzia – Aplikację Podatnika KSeF, dostępną w wersji online i Aplikację Mobilną KSeF.
Z KSeF można też korzystać przez e-mikrofirmę dostępną w e-Urzędzie Skarbowym. Dzięki powiązaniu istniejącego konta z KSeF podatnik może wystawiać i odbierać faktury w systemie oraz przenosić je bezpośrednio do ewidencji VAT, bez konieczności ręcznego przepisywania danych.
- Wdrożenie KSeF wymaga również przekształcenia dotychczasowego obiegu dokumentów i procedur księgowych w organizacji. Faktury będą uznawane za wystawione dopiero w momencie nadania im numeru KSeF. Nadanie numeru KSeF jest jedną z metod potwierdzenia skutecznego przyjęcia faktury do systemu.
- Trzeba również pamiętać o konieczności nadania odpowiednich uprawnień pracownikom do wystawiania i odbierania faktur oraz zapewnienie im dostępu do metod uwierzytelniania (np. Profil Zaufany, kwalifikowany podpis elektroniczny).
- Brak możliwości anulowania. Faktury, które zostały przesłane do KSeF i otrzymały numer, nie mogą być anulowane lub edytowane. Jeśli pojawi się błąd, trzeba wystawić fakturę korygującą.
- Obsługa i dołączanie do faktur załączników. System KSeF akceptuje tylko załączniki w formie ustrukturyzowanej (XML). Załączniki w popularnych formatach (PDF, JPG), będą musiały być przesyłane poza systemem KSeF, mailowo lub w inny uzgodniony sposób.
Jak się przygotować do wdrożenia KSeF w Twojej organizacji pozarządowej?
Nie warto czekać, wcześniejsze przygotowanie i zapoznanie się z systemem jest kluczowe, by uniknąć problemów po wejściu w życie obowiązku.
Zacznij od zweryfikowania i ustalenia, w jakich sytuacjach Twoja organizacja wystawia faktury (np. sprzedaż biletów, usługi edukacyjne, najem) i czy korzysta z zwolnień (podmiotowych lub przedmiotowych). Przeanalizuj obecne oprogramowanie księgowe/fakturowe pod kątem integracji z KSeF i zaplanuj ewentualne wdrożenie nowych narzędzi (w tym darmowej aplikacji oferowanej przez Ministerstwo Finansów).
Następnie zdecyduj, kto w organizacji będzie miał uprawnienia do wystawiania i odbierania faktur oraz do zarządzania tymi uprawnieniami. Upewnij się, że wyznaczone osoby posiadają niezbędne narzędzia do uwierzytelniania (Profil Zaufany, e-podpis).
Przeszkol zespół z nowych procedur wystawiania i odbierania e-faktur ustrukturyzowanych. Warto w tym zakresie skorzystać z aplikacji testowej KSeF aby przećwiczyć cały proces przed obowiązkowym terminem, a także wziąć udział w cyklu bezpłatnych szkoleń „Środy z KSeF” (link do terminarza spotkań - https://ksef.podatki.gov.pl/srody-z-ksef ), podczas, których poznasz podstawowe informacje oraz praktyczne aspekty korzystania z KSeF. Spotkania odbywają się środy – zarówno stacjonarnie, jak i on-line – aby każdy mógł wziąć udział w dogodnej formie. Cykl spotkań rozpoczął się 24 września 2025 r. i potrwa do połowy grudnia 2025 r.
Przed rozpoczęciem korzystania z systemu koniecznie uporządkuj dane. Zweryfikuj je i ujednolić, zwłaszcza numer NIP, który jest niezbędny w KSeF.
Wybrane informacje na stronach rządowych, z którymi warto się zapoznać
https://www.gov.pl/web/kas/krajowy-system-e-faktur 👈informacje na stronie gov.pl dotyczące KSeF
https://ksef.podatki.gov.pl/ 👈strona KSeF na Portalu Podatkowym
https://ksef.podatki.gov.pl/aplikacja-podatnika-ksef-i-inne-narzedzia/ 👈narzędzia KSeF (Aplikacja Podatnika KSeF 1.0, Aplikacja mobilna KSeF 1.0 i inne narzędzia)
https://ksef.podatki.gov.pl/pytania-i-odpowiedzi-ksef-20 👈najważniejsze pytania i odpowiedzi dotyczące KSeF
https://ksef.podatki.gov.pl/srody-z-ksef 👈terminarz szkoleń z cyklu „Środy z KSeF”
Warto na bieżąco śledzić komunikaty Ministerstwa Finansów i korzystać z testowego KSeF (dostępnego od 1 listopada 2025 r.), żeby wcześniej wyłapać błędy i spokojnie przygotować organizację na nowe zasady.
Do 1 grudnia 2026 r. za pomyłki w fakturach wystawianych w KSeF nie będą nakładane kary.
Natalia Kwiatkowska
Adwokat i absolwentka studiów prawniczych na WPiA Uniwersytetu Warszawskiego oraz studiów podyplomowych na kierunku Prawo pracy i ubezpieczeń społecznych (kadry i płace) na Uczelni Łazarskiego. Posiada doświadczenie w bieżącej obsłudze prawnej polskich, jak i zagranicznych podmiotów, współpracując z przedsiębiorcami, oraz organizacjami pozarządowymi. Specjalizuje się w doradztwie z zakresu prawa pracy i compliance, gdzie opracowuje i wdraża umowy, regulaminy oraz wewnętrzne polityki, zapewniając zgodność działań firm z obowiązującymi przepisami. Jej praktyka obejmuje również wsparcie prawne NGO oraz szkolenia z prawa pracy, wolontariatu pracowniczego, a także nowelizacji kodeksu rodzinnego i opiekuńczego, znanej jako „Ustawa Kamilka”.
Przemysław Poreda
Ekspert Stowarzyszenia Księgowych w Polsce posiadający Certyfikat C.I.K. nr 76833/2021. Jego kilkunastoletnie doświadczenie koncentruje się na wspieraniu organizacji pozarządowych (NGO). Łączy wykształcenie (magister finansów i rachunkowości, ukończone studia podyplomowe z zakresu zarządzania oświatą i organizacjami pozarządowymi, z prawa pracy i ubezpieczeń społecznych - kadr i płac) z gruntowną praktyką w: Pełnej księgowości NGO (fundacje, stowarzyszenia). Kompleksowej obsłudze kadr i płac. Sprawozdawczości finansowej i rozliczeniach podatkowych. Aktywnie dzieli się wiedzą, pełniąc rolę wykładowcy i członka zespołu egzaminatorów OKE w zawodzie Technik Ekonomista/Technik Rachunkowości. Pasjonuje się psychologią biznesu i CSR, co pozwala mu lepiej rozumieć misję organizacji.
[od redakcji ngo.pl] KSeF a rozliczanie projektów
Korzystanie z KSeF jest konieczne i z pewnością organizacje z czasem nauczą się tego systemu. Ministerstwo udostępnia materiały edukacyjne, które pomagają zdobyć niezbędną wiedzę, dostajemy też bezpłatne aplikacje. Jednak i tak wdrożenie KSeF będzie dla każdej organizacji związane z kosztami. Poza kosztami bezpośrednimi, np. kosztami dostosowania i/lub dokupienia niezbędnego oprogramowania, kosztem jest też zdobycie nowej wiedzy i poświęcony temu czas. Dla organizacji pozarządowych, które nie mają profesjonalnego wsparcia księgowego ten “koszt” będzie szczególnie dużym obciążeniem.
Prawdziwy problem z KSeF w NGO będzie polegać na czym innym. Dziś nikt chyba nie wie jak KSeF wpłynie na system rozliczania projektów. Większość organizacji korzysta z dotacji i realizuje zadania publiczne zlecane przez administrację, w tym samorząd. Dla autorów przepisów o KSeF, a następnie dla twórców systemu, fakt ten nie miał większego znaczenia (raczej nie analizowali jak faktury wykorzystywane są przy rozliczaniu i kontrolowaniu realizacji projektów przez organizacje pozarządowe). Wydaje się, że KSeF nie oferuje na tym polu żadnych oczywistych podpowiedzi ani udogodnień. Prawdopodobnie trzeba je dopiero będzie wymyśleć.
Świadomość tego problemu ma już choćby Narodowy Instytut Wolności, omawiany jest on na Radzie Działalności Pożytku Publicznego, zaznajamiane jest z nim również Ministerstwo Finansów. Odpowiedzi muszą pojawić się wkrótce, ponieważ jak napisano wyżej, już w pierwszym kwartale nowego roku KSeF zafunkcjonuje w praktyce, i trzeba go będzie w tej praktyce wdrożyć, również na potrzeby realizowanych wtedy przez organizacje pozarządowe projektów, w tym zadań publicznych.
Źródło: inf. własna poradnik.ngo.pl
Redakcja www.ngo.pl nie ponosi odpowiedzialności za treść komentarzy.
