Helsińska Fundacja Praw Człowieka w dniu 7 lipca 2009 r. wydała oświadczenie w dotyczące niezłożenia przez Prezydenta RP oświadczenia o uznaniu właściwości Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w zakresie spraw z tzw. III filara UE, tj. współpracy policyjnej i sądowej w sprawach karnych.
Pomimo, iż ustawa upoważniająca Prezydenta RP do złożenia oświadczenia o uznaniu przez Rzeczpospolitą Polską tej jurysdykcji, weszła w życie w dniu 15 marca 2009 r., Prezydent nadal z tej kompetencji nie skorzystał (podobnie jak w przypadku Traktatu Lizbońskiego).
Oświadczenie Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka podyktowane jest fundamentalnym znaczeniem, jakie dla ochrony praw obywateli UE ma orzecznictwo ETS w zakresie III filara. Dotyczy ono głównie spraw z zakresu europejskiego nakazu aresztowania oraz Konwencji wykonawczej do Układu z Schengen. Oznacza to, że obecnie sądy w Polsce nie mają możliwości kierować tzw. pytań prejudycjalnych w tym zakresie do ETS. Pomimo że same korzystają z takiego orzecznictwa, nie są w stanie, w razie poważnych wątpliwości, wystąpić do ETS z wnioskiem o np. interpretację przepisów prawa unijnego w zakresie współpracy policyjnej i sądowej w sprawach karnych.
